为确保了实验教学中心的良好运行，中心制定了一系列实验室管理制度，实现管理的制度化、规范化和科学化，确保中心的人员、仪器设备、实验课程、实验教材等资源的合理、科学和高效利用。具体如下：
（1） 中心管理制度
为了落实学校实验教学管理文件的要求，推动中心的正常运行，出台了《虚拟仿真实验教学中心仪器设备管理办法》、《虚拟仿真实验教学中心安全管理规定》、《西北大学虚拟仿真实验教学中心仪器设备开放共享管理暂行办法》。
（2）岗位职责制度
为了使中心运作规范化，做到人尽其才，各司其职，中心出台了《地质学虚拟仿真实验教学中心主任、副主任岗位职责》《地质学虚拟仿真实验教学中心实验指导教师职责》《地质学虚拟仿真实验教学中心开放实验室值班教师职责》《地质学虚拟仿真实验教学中心仪表维修维护人员工作职责》等规章制度。
（3）实验室管理制度
为了统筹管理中心实验教学工作，规范实验室管理，中心出台了《地质学虚拟仿真实验教学中心学生实验守则》、《虚拟仿真实验技术人员定期培训制度》、《虚拟仿真实验教学指导教师岗前培训制度》、《虚拟仿真实验教学中心学评教制度》等规章制度。
（4）工作考核制度
为了激励实验教学人员，中心制定了《地质学虚拟仿真实验教学中心资助教学改革研究项目和教材编写的暂行管理规定》。
（5）安全制度
为了保证实验室虚拟仿真系统安全，中心制定了《地质学虚拟仿真实验教学中心实验室安全制度》等规章制度。