（1）中心实行校系两级管理的中心主任负责制。中心主任、副主任由地质学系推荐，学校任命。西北大学教务处负责组织中心的规划与领导选聘工作，并提供配套经费；地质学系负责具体的建设、运作、维护以及实验教师和实验技术人员的聘任、考核等。中心依托地质学系和“地质学国家级实验教学示范中心”，承担地质学专业、地球化学专业、资源勘查专业、勘查与技术专业的虚拟仿真实验教学任务，同时对校内外开放。
（2）实验中心设主任1名，副主任2名，专职秘书1名。中心下设的每个分室均有专人负责，直接受中心主任领导，负责完成中心下达的有关虚拟仿真实验教学任务与相关工作。